Akademia znajduje się przy ulicy Czekoladowej. Zajmuje kolorowy, trzypiętrowy gmach. Na parterze mieszczą się sale szkolne, na pierwszym piętrze są sypialnie oraz jadalnia, na drugim mieszka pan Kleks i uczony szpak Mateusz, a na trzecim przechowuje swoje sekrety, do których dostęp ma tylko on, ponieważ schody doprowadzone są tylko do drugiego piętra, i do których dostaje się przez komin. Budynek otacza ogromny park oraz mur, w którym znajdują się furtki prowadzące do sąsiednich bajek. Bohater książki odwiedza między innymi bajkę o dziewczynce z zapałkami oraz bajkę o śpiącej królewnie i siedmiu braciach. Zajęcia w akademii - dzień w akademii zaczyna się o piątej rano, kiedy to na nosy chłopców kapie woda prosto ze śluz umieszczonych w suficie. Od razu wszyscy pędzą pod prysznic, z którego płynie woda zawsze z dodatkiem jakiegoś soku. O wpół do szóstej jest śniadanie, a o szóstej apel, po którym pan Kleks zbiera od chłopców senne lusterka, w których odbijają się ich sny (za jeden z najciekawszych pan Kleks uznał sen Adasia "O siedmiu szklankach"). Lekcje zaczynają się o siódmej, są to między innymi: kleksografia, przędzenie liter, leczenie chorych sprzętów, gra w piłkę-globus, czyli nauka geografii. Do ciekawych przygód w Akademii należą także odwiedziny w fabryce dziur i dziurek i odwiedziny Adasia w psim raju, gdzie spotkał swojego Reksa.
